Der Erfolg von Gut Böddeken gründet sich u. a. auch auf die sehr enge Kooperation mit den umliegenden öffentlichen Schulen: der Real- oder Sekundarschule, der Hauptschule, den Förderschulen oder auch der Berufsschule. Diese Schulen wissen, dass sie in den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Einrichtung verlässliche Partner haben im Hinblick auf die Förderung und die Bildung der Schüler*innen.
Täglich findet nachmittags eine 90-minütige Lernzeit statt. Die Jugendlichen werden durch die pädagogischen Fachkräfte bei den schulischen Hausaufgaben, bei Übungen, Wiederholungen und kognitiven Trainings betreut und begleitet. Individuelle Hilfe und Unterstützung erfahren die Schüler*innen auf Gut Böddeken auch durch Übungen zur Steigerung der Konzentrationsfähigkeit und der intrinsischen Motivation.
Teilleistungsschwächen wie Lese- Rechtschreibschwäche oder Dyskalkulie (Matheschwäche) werden verantwortlich begleitet. Ängste werden genommen und Mut gemacht zur Entfaltung der eigenen Stärken und Ressourcen. Notfalls werden in diesen Fällen auch Sonderleistungen vereinbart, die durch externe Kräfte erbracht werden können.